La prima missione della campagna riguarda, come negli altri capitoli della serie, la fase di addestramento; si impersona infatti il sergente John "Soap" MacTavish, del 22° reggimento SAS, in esercitazione nei campi di addestramento in Gran Bretagna, dove incontra il suo superiore, il capitano Price (la versione in chiave moderna di quello di Call of Duty 1 e 2) che si sta preparando per assaltare un mercantile nemico. Il giocatore impersona anche il sergente Paul Jackson, della 1ª Forza da Ricognizione dei Marines, che atterrerà, con altri suoi compagni, in uno sconosciuto stato del medio oriente, dove è appena salito al potere Kahled Al-Asad, il quale ha da poco giustiziato il capo del governo precedentemente in carica, Al-Fulani. L'obiettivo finale è quello di fermare i progetti di Al-Asad e del suo potente alleato, Imran Zakhaev.
1.F.N.G
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: H&K G36C, H&K USP.45
Addestramento
2.Equipaggio sacrificabile
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: H&K MP5SD3, H&K USP.45 con silenziatore
Acquisisci il "carico" del mercantile nemico.
3.Il colpo di stato
Presidente Yasser Al-Fulani
Armi: nessuna
Nei panni del presidente assisti al colpo di stato da parte di Khaled Al-Asad.
Atto I
1.Blackout
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1 SOPMOD, M21 con silenziatore
Insieme al gruppo di lealisti guidati dal sergente Kamarov libera l'informatore Nikolai.
2.Charlie non fa surf
Sergente Paul Jackson, 1st Force Recon, USMC
Armi in dotazione: Colt M4A1, Beretta M9
Trova Al-Asad nel palazzo nemico e nella stazione radiovisiva.
3.L'acquitrino
Sergente Paul Jackson, 1st Force Recon, USMC
Armi in dotazione: Colt M4A1 con lanciagranate M203, Beretta M9
Raggiungi e proteggi un carro armato M1A2 Abrams con nome in codice "Warpig" in difficoltà nell'acquitrino.(N.B. Questa missione si trova anche nella versione demo)
4.Preda
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M1911A1 .45
Trova un punto sicuro per l'estrazione dopo essere stato abbattuto in elicottero.
5.Morte dall'alto
Mitragliere ignoto, supporto aereo AC-130
Proteggi la squadra del capitano Price grazie a un obiceda 105 mm , cannoncino Bofors da 40 mm e mitragliatrice da 25 mm.
6.War pig
Sergente Paul Jackson, 1st Force Recon, USMC
Armi in dotazione: Colt M4A1 con lanciagranate M203, Beretta M9
Scorta il carro Abrams dall'acquitrino all'autostrada.
7.Guerra lampo
Sergente Paul Jackson, 1st Force Recon, USMC
Armi in dotazione: Colt M4A1 con lanciagranate M203, Beretta M9
Trova Al-Asad nella capitale ed elimina i ribelli con il lanciagranate Mark 19 dell'elicottero "Seaknight". Alla fine di questa missione l'elicottero su cui si trova il personaggio viene travolto da un'onda d'urto provocata da una testata nucleare.
8.Dopo il disastro
Sergente Paul Jackson, 1st Force Recon, USMC
Armi in dotazione: nessuna
Dopo diverse ore il sergente Jackson si risveglia ed ha il tempo per vedere lo spettacolo che si è venuto a formare dopo l'esplosione atomica avvenuta nella capitale; dopodiché cade a terra, esanime.
Atto II
1.Nascondiglio
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1 SOPMOD, Colt M1911A1 .45
Perlustra ogni casa del piccolo villaggio in Azerbaijan per la cattura di Khaled Al-Asad. Alla fine della missione Al-Asad viene trovato e durante l'interrogatorio viene chiamato al cellulare: il capitano Price risponde alla chiamata del capo ultra nazionalista russo Imram Zakahev. Dopo ciò il capitano Price uccide Al-Asad, ormai inutile ostaggio.
2.Mimetizzazione perfetta
Tenente Price, SAS (15 anni prima)
Armi in dotazione: M21 con silenziatore, H&K USP .45 con silenziatore
Infiltrati con il capitano McMillan nella città di Pripjat (Chernobyl) senza farti scoprire dagli ultra nazionalisti.
3.Sicario infallibile
Tenente Price, SAS (15 anni prima)
Armi in dotazione: M21, H&K USP .45 con silenziatore
Arrivato nell'hotel di Pripjat cerca di uccidere Imram Zakahev con il fucile di precisione M82 Barrett, poi scappa al punto di estrazione.
4.Calore
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1 SOPMOD, Colt M1911A1 .45
Cerca di resistere all'assalto delle forze che vogliono salvare Al-Asad nel paese in Azerbaijan.
5.I peccati del padre
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Reminton R700, Colt M1911A1 .45
Tendi una trappola a Victor Zakhaev, il figlio di Zakahev, e catturalo vivo.
Atto III
Ultimatum
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1 SOPMOD, Colt M1911A1 .45
Cerca la base nucleare ultra nazionalista.
Tutti dentro
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1 SOPMOD, Colt M1911A1 .45
Opponendoti alle forze ostili penetra nella base e cerca la sala di controllo per distruggere i missili nucleari diretti contro la costa atlantica americana.
La stanza dei bottoni
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1 SOPMOD, Colt M1911A1 .45
Trova la sala di controllo dei razzi e inserisci nel computer le coordinate per l'autodistruzione delle testate.
Game over
Sergente "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: Colt M4A1, Colt M1911A1 .45
Nel tentativo di scappare dalla base nemica la squadra viene bloccata e oppone una strenua resistenza agli ultra nazionalisti che ormai stanno per massacrarla. Infine quando si presenta Zakahev ad osservare la squadra di morti e feriti, uccidendo con la sua Desert Eagle Gaz, uno dei membri più importanti della squadra, il capitano Price con le sue ultime forze rimaste lancia una pistola (una Colt .45, la stessa con cui ha ucciso Al-Asad) a Soap che riesce così finalmente ad uccidere il capo delle forze ribelli. Dopodiché arriverà un elicottero con il sergente Kamarov ed i suoi soldati lealisti. Alla fine l'unico sopravvissuto della squadra sarà Soap.
Epilogo
Club Mile High
Capitano "Soap" McTavish, 22° Reggimento SAS
Armi in dotazione: H&K MP5SD3, H&K USP.45 con silenziatore
Sono trascorsi mesi da quando è finita la guerra e l'ormai Capitano McTavish insieme alla sua nuova squadra ha lo scopo di liberare un ostaggio in un aereo dirottato da terroristi.
